Tra le malattie ciliegio più diffuse, il primo posto va certamente al Corineo una patologia di origine fungina che prolifera maggiormente in luoghi umidi, e che è causata dalla Stigmina carpophila. I sintomi provocati da questo fungo sono molto evidenti soprattutto a livello delle foglie, sulle quali appaiono inizialmente delle piccole formazioni necrotiche. Con il proliferare del fungo anche i frutti quando fanno la loro comparsa risultano immangiabili. Le ciliegie provenienti da alberi affetti da Corineo, infatti, presentano sulla loro superficie una spaccatura nera con il bordo rosso. Purtroppo nel caso in cui l'albero sia affetto da questa malattia è molto difficile debellarla del tutto e i metodi previsti sono quelli antifungini classici. Nella stagione primaverile o autunnale, infatti, è necessario trattare la pianta con poltiglia bordolese o ossicloruro di rame.
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Un'altra acerrima nemica del ciliegio è una mosca che devasta così profondamente questa pianta da meritarsi l'appellativo di mosca delle ciliegie. Questo insetto, simile in tutto e per tutto alla classica mosca domestica, depone le proprie uova all'interno della polpa di frutti che non hanno ancora raggiunto la maturazione. Uno dei segni più evidenti di un'infestazione da parte di questa mosca è l'ingiallimento dei frutti, che naturalmente non maturano e diventano immangiabili. Esistono diversi metodi naturali per liberarsi o prevenire l'infestazione di queste mosche. Pare, ad esempio, che esse siano molto attratte dal colore giallo per cui usare esche di questo colore è molto efficace per catturarle. Allo stesso modo trovano estremamente repellente l'infuso d'assenzio. Tutte le ciliegie infette vanno rimosse manualmente ed eliminate.
Anche l'afide nero risulta essere un nemico di questa pianta e responsabile di molte malattie del ciliegio. Questo insetto, tendenzialmente gregario, colonizza germogli e foglie. I germogli infestati dall'afide appaiono atrofizzati e deformi, mentre sulla pagina inferiore delle foglie appaiono deformazioni e accartocciamenti. Nel corso dell'infestazione si evidenzia anche la presenza di numerose punture trofiche. Inoltre se la pianta viene attaccata nel periodo in cui produce frutti, anche questi possono essere coinvolti e irreparabilmente rovinati. Per combattere l'afide nero bisogna per prima cosa eseguire una campionatura e successivamente intervenire con aficidi specifici, possibilmente endoterapici in modo da poter raggiungere gli insetti anche quando essi si nascondono all'interno delle foglie e dei germogli.
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