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Per coltivare funghi si deve trovare un luogo umido, riparato e riscaldato. In casa ad esempio, l'ideale potrebbero essere un sottoscala, o il garage. In alternativa, si può anche valutare uno spazio all'aperto. Quel che conta è che sia soleggiato e riparato dai venti; una buona soluzione potrebbe essere quella di scavare una buca nel terreno, ad almeno un metro di profondità, in cui poi inserire la fungaia. Ovviamente la buca dovrà essere ben segnalata. In casa, l'unico inconveniente potrebbe essere il fatto che i funghi sprigioneranno un lieve odore di muffa. Si deve anche considerare il fatto che nelle varie fasi di coltivazione i funghi avranno bisogno di diverse temperature, quindi ci potrebbe essere il bisogno di spostare la fungaia da un posto più caldo ad un altro leggermente più freddo.
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Una volta trovato il posto più idoneo, si comincia a preparare il substrato. Infatti, una delle operazioni più importanti nel coltivare funghi sta nel prepararne il terreno. Ci si deve procurare una cassetta, di quelle che vengono usate per la frutta. Non importa che sia di legno, plastica o polistirolo, purché sia chiusa. La si riveste con un telo di plastica, e poi la si riempie con un terriccio formato da letame ben stagionato, paglia e residui vegetali. Questo composto deve essere fatto riposare per almeno due settimane ad una temperatura di 25 gradi circa (non meno di 20 e non oltre 30 gradi). A questo punto si possono inserire i miceli dei funghi prescelti, che si acquistano in barattolo. Vanno interrati a 3 o 4 centimetri di profondità, ad una distanza di circa dieci centimetri, o più, l'uno dall'altro. A questo punto, a seconda del tipo di fungo che si è scelto, potrebbe essere necessario mettere un ultimo, sottile strato di terriccio calcareo, composto prevalentemente da torba. Per alcuni funghi ciò non è necessario.
Una volta inseriti nel terreno i miceli, si deve annaffiare il terriccio in modo abbondante, usando una doccetta, perché un flusso di acqua troppo importante potrebbe rimuovere i miceli dai loro alloggi. Si copre e si lascia riposare, sempre bagnando, per due settimane, sempre ad una temperatura di 25 gradi. A questo punto compariranno le prime muffette superficiali: si sposta la cassetta in un luogo dove la temperatura sia tra i 12 e i 14 gradi, e dopo circa 15 o 20 giorni inizieranno a spuntare i primissimi funghi. Cresceranno molto rapidamente: per coglierli, si deve sempre usare l'apposito coltellino. La produzione continuerà per almeno quattro mesi, nei quali si deve fare molta attenzione a parassiti o lumache, che potrebbero attaccare i funghi. Le varietà di fungo che vengono maggiormente usate per la coltivazione sono prataioli, pleurotus, shiitake e cardoncelli. Volendo, si possono acquistare ballette di funghi già pronte, con i miceli innestati.
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