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Gli agrumi sono piante solitamente resistenti, purtroppo possono subire attacchi da malattie e da insetti parassitari. Il maggior problema che si può riscontrare sugli agrumi è il Phoma tracheiphyla o mal secco. Questa malattia si manifesta principalmente su alcune specie di agrumi come il limone, il cedro e il bergamotto, mostrando i sintomi prima sulle foglie, poi sui germogli, sui rami e sul tronco. Il primo sintomo della malattia è un ingiallimento delle foglie che successivamente cadono, l'infezione passa ai rami e ai germogli che subiscono un processo di disseccamento. Se l'infezione procedesse verrebbe attaccato anche il tronco che potrebbe arrivare a fessurarsi. In questo caso l'infezione è lenta, in caso invece l'infezione parta dalle radici la morte della pianta arriverebbe molto velocemente.
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Il mal secco si propaga sulla pianta grazie alle spore del fungo Phoma tracheiphyla che penetrano attraverso le ferite nei mesi tra ottobre e febbraio, quando il clima è più umido. La malattia si mostra nel periodo della ripresa vegetativa della pianta in primavera, prima che inizi a fruttificare. Per evitare che le piante siano attaccate dal fungo sarebbe opportuno procedere con le potature nei mesi di maggio o di giugno e si dovrebbero evitare i fertilizzanti che contengano troppo azoto. In caso le piante siano ferite dal vento o dalle forti piogge o grandinate sarebbe opportuno trattarle con dei prodotti che abbiano una base di rame, in modo che il fungo non penetri. Per curare la pianta si dovrebbe provvedere ad eliminare le foglie e i rami colpiti dal fungo e disinfettarla con prodotti a base di rame.
Un'altra malattia che potrebbe colpire gli agrumi è la fumaggine, una infestazione fungina ad opera di alcuni funghi che sono in grado di nutrirsi delle sostanze prodotte da insetti vari, come gli afidi, la cocciniglia e la metcalfa. Questa malattia si mostra con strutture scure che privano la pianta della luce necessaria al sostentamento. In seguito all'attacco prolungato della fumaggine la pianta potrebbe morire. Le principali cause della fumaggine potrebbero essere la mancanza di areazione, l'esistenza della melata sui rami e una umidità troppo elevata. Per riuscire a combattere la fumaggine si dovrebbe eliminare la melata dalla pianta utilizzando prodotti che contrastino i parassiti prima che la infestino. Potrebbe anche essere utile eliminare meccanicamente la muffa dalle foglie e allo stesso tempo i parassiti.
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