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Una delle prevalenti malattie pomodori è la ruggine: si manifesta normalmente in periodo primaverile e provoca un iniziale ingiallimento del fogliame, seguito rapidamente dall'imbrunimento a chiazze anche delle bacche. Il migliore contrasto avviene con la prevenzione, attraverso l'impiego periodico di fungicidi a composizione rameica o cuprica. Un'altra grave affezione, determinata in prevalenza dall'eccesso di umidità ambientale, è sicuramente la peronospora. Si tratta di una patologia che in principio colpisce le foglie della pianta, macchiandole e formando una muffa biancastra, e successivamente si estende ai frutti, portandoli all'immarcimento. In presenza di attacco, converrà impiegare tempestivamente un idoneo e specifico anticrittogamico che preveda la presenza del principio attivo fosetil alluminio, capace di stimolare naturalmente i meccanismi di difesa della pianta.
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Ulteriore grave e pericolosa affezione crittogamica che può attaccare i pomodori è senza dubbio l'oidio. Questa patologia si palesa con un pulviscolo grigiastro sulle foglie che velocemente si espande su tutto il vegetale, provocandone il deterioramento e, infine, l'avvizzimento. Il contrasto dovrà prevedere, oltre all'impiego di prodotti a base di tebuconazolo o metrafenone, la riduzione del tasso di umidità ambientale, anche attraverso il miglioramento del drenaggio del suolo. Tra le malattie pomodori, inoltre, si evidenziano quelle, più sporadiche, dovute ad imprecisioni nella periodica opera di fertilizzazione. Difatti, l'uso di fertilizzante composto prevalentemente dalla componente azotata, a scapito delle altre ordinarie macrocomponenti, può arrecare lesioni e danneggiamenti all'intera pianta: nel caso, sarà sufficiente limitare e correggere la concimazione.
Il pomodoro, in conclusione, potrà essere colpito da numerosi insetti e parassiti animali, quali a mero titolo di esempio gli afidi e le cimici verdi. I primi, comunemente chiamati pidocchi delle piante, sono minuscoli e nocivi insetti che si alimentano abitualmente della linfa contenuta nel fogliame e nei germogli della pianta, deteriorandola anche gravemente e favorendo la possibile insorgenza di patologie crittogamiche. Andranno contrastati con semplici accorgimenti o con insetticida contenente imidacloprid. Le cimici, invece, sono insetti che si cibano soltanto di vegetali e specialmente delle foglie e delle bacche dei pomodori, determinando danneggiamenti anche di rilievo alla produzione e alla commercializzazione. Nel loro contrasto, sarà consigliabile l'utilizzo di rimedi a base di aglio o di antiparassitari piretrali di tipo biologico.
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